Namun, kehadiran warga yang meminta untuk menempati lahan ini justru memunculkan berbagai masalah. Padahal pihak Gereja sudah memberi mereka kesempatan untuk tinggal di atas tanah seluas 5 hektar. Awalnya diharapkan untuk hidup berdampingan tapi justru pada akhirnya mereka mengklaim bahwa tanah ini milik mereka.
Meski demikian, pihak gereja masih memberikan mereka kesempatan untuk bermukim di lahan tersebut. Dan pihak Gereja mengupayakan pengembangan lahan demi kepentingan pembangunan gereja dan fasilitas lain. Tentunya warga sekitarnya bisa menerima manfaatnya.
Namun, Ketegangan meningkat ketika pihak gereja sebagai pemilik lahan mulai membangun Lopo, sebuah model rumah tradisional dari daerah Sabu, di lahan tersebut. Tetapi kemudian oleh oknum warga, Lopo tersebut dibakar. Kerugian yang dialami akibat pembangunan ini mencapai 100 juta rupiah, termasuk biaya pembuatan dan pengangkutan bahan-bahan bangunan.
Terhadap kejadian ini, pihak gereja juga melaporkan insiden kerusakan infrastruktur tersebut serta tindakan perusakan lainnya kepada polsek Kupang Tengah. Walaupun hingga hari ini tidak diproses.
