Perkara yang paling sering disebut sebagai pintu masuk memahami kekusutan ini adalah klaim kepemilikan tanah seluas 40 hektare oleh seorang bernama Nikolaus Naput (NN), warga Ruteng, yang jaraknya sekitar 150 kilometer dari Labuan Bajo. Klaim tersebut diikat melalui PPJB kepada Santosa Kadiman alias Erwin Bebek, broker properti asal Jakarta—berjarak lebih dari 1.400 kilometer dari tanah yang diklaim.
Jarak geografis itu seolah menjadi metafora: jarak antara klaim di atas kertas dan fakta di atas tanah.
Ketika sebagian tanah klaim mulai dikuasai, proses administrasi berjalan senyap: dibuat gambar ukur, diterbitkan sertifikat, tanpa kehadiran pemilik adat yang sejak lama menguasai dan mengolah tanah tersebut. Warga adat pun menggugat.
Gugatan pertama atas tanah seluas 11 hektare berakhir dengan kemenangan penggugat. Putusan kasasi Mahkamah Agung tertanggal 8 Oktober 2025 telah inkrah. Hakim menyatakan SHM yang diterbitkan di atas tanah tersebut salah lokasi, cacat administrasi, dan cacat yuridis, serta menegaskan bahwa PPJB 40 hektare batal demi hukum.
