Keterkaitan dengan persoalan pengelolaan TNK juga tidak dapat dipisahkan. Buruknya pengaturan tracking, perubahan zonasi tanpa kajian ekologis memadai, dan lemahnya pengendalian aktivitas wisata telah memperlihatkan pola komersialisasi kawasan konservasi yang mengabaikan prinsip dasar perlindungan ekosistem. Tambang ilegal di Sebayur Besar hanyalah puncak dari akumulasi persoalan tata kelola tersebut. Karena itu, WALHI NTT menuntut:
- Penghentian total aktivitas penambangan dan penutupan permanen lokasi tambang di Pulau Sebayur Besar.
- Audit menyeluruh perizinan, termasuk izin yang pernah diterbitkan dan dugaan keterlibatan oknum dalam pembiaran aktivitas ilegal.
- Penegakan hukum tegas terhadap pelaku, pemodal, dan pihak yang memberikan perlindungan.
- Investigasi terpadu oleh KLHK–ESDM–Aparat Penegak Hukum untuk memastikan tidak ada aktivitas tambang ilegal lain di gugusan pulau sekitar.
- Pemulihan ekologis berbasis kajian ilmiah independen, dengan memastikan kerusakan terukur dan rencana pemulihan berjangka.
- Transparansi publik atas tindak lanjut seluruh instansi.
- Evaluasi menyeluruh tata kelola TN Komodo, termasuk penataan tracking, penzonaan, pengawasan pulau-pulau penyangga, serta pengelolaan pemanfaatan ruang yang selama ini tidak konsisten dengan prinsip
Kasus pertambangan ilegal di Pulau Sebayur Besar merupakan peringatan keras tentang rapuhnya tata kelola lingkungan hidup di Nusa Tenggara Timur, khususnya di kawasan strategis seperti Manggarai Barat dan TN Komodo.
